هناك ثلاثة مناهج مختلفة في مجال علم النفس الإسلامي: أ- لدى البعض منهج تهذيب بمعنى أن علم النفس الموجود لديه الشمولية الصحيحة ولا يتعارض مع الإسلام، ويجب تصفية تلك النظريات التي لا تتوافق مع الإسلام، بمعنى آخر، مجمل علم النفس الذي نقبله اليوم.

2- المنهج المقارن يعني أن علم النفس محترم ولا ينبغي التلاعب به، ولكن بجانب ذلك فإن الإسلام قال هذا، وقال علم النفس اليوم ذلك.

3- المنهج التأسيسي يعني أنه بما أن أساس علم نفس اليوم مادي وعلماني فلا يمكن صقله ومقارنته، فإما يكتبون علم نفس من الصفر إلى مائة، أو بنظرة متعاطفة ومشتركة مع علم نفس اليوم يعلنون القواسم المشتركة بين العالم أجمع والاختلافات التي يعلنونها عن تلك الثقافة المحددة.